XplorMed permette di esplorare un insieme di abstracts derivati da una ricerca su MEDLINE. Il sistema fornisce le associazioni principali fra le diverse parole negli abstracts. Esiste la possibilità di selezionare un sottoinsieme (subset) dei vostri abstracts basandosi sui gruppi selezionati e sulle parole relative e rilanciare la ricerca.

XplorMed è suggerito in tutti i casi in cui non si conosce esattamente quello che si cerca ed è necessaria una focalizazzione per step successivi. La ricerca viene affinata attraverso l'analisi dei risultati ottenuti e di parole supplementari da aggiungere alla ricerca

 

XplorMed può essere raggiunto alla seguente URL http://www.ogic.ca/projects/xplormed/. L'unico input necessario è un set di abstrats da analizzare inizialmente.

 

Generare l'input per XplorMed

Ci sono tre vie per interrogare XplorMed:

• La sezione gialla è richiesto l'inserimento di una domanda simile ad una interrogazione su MEDLINE ( "mip AND protein AND 1998 [Entrez Date]").
• La sezione rossa dovete fornire l'indicazione di una voce dalla base di dati i di MEDLINE. Per esempio “TETX_CLOTE" da SwissProt. Potete fornire i contrassegni multipli di MEDLINE, per esempio, “9278503 8366047 9298646".
• La sezione verde, qui l'utente ha il massimo controllo dell'imput perchè fornisce la stringa di ricerca che deve essere contenuta nell'abstracts.

 

E' necessario un numero minimo di abstracts. Suggeriamo un minimo di 20 abstrcts per il calcolo delle relazioni.

XplorMed fa le statistiche. Meno dati avete, meno i rapporti possono essere di attendibili e rilevanti. (al limite non è possibile relazionare con un singolo abstracts.

 

Limitazioni di uso del server. Esiste un limite alla quantità di abstracts da sottoporre al server per le analisi ed è di 500 abstracts.  

 

Limitare la vostra ricerca. Se i vostri risultati contengono troppi abstracts potete riprovare con un'altra domanda più specifica su PubMed aggiungendo più parole alla domanda, o usando le opzioni di limite (per esempio, solo lavori pubblicati in un determinato anno).

 

Analogamente se i vostri risultati contengono troppo pochi abstracts allora potete ripetere  la vostra domanda su PubMed in modo meno specifico.  Potete anche aggiungere ulteriori termini usando gli operatori booleani, per esempio, “(mobile OR cellular) AND (phone OR telephone)".

 

 

 

Utilizzare XplorMed

Aprire il sito all'URL http://www.ogic.ca/projects/xplormed nel . Selezionare il vostro punto di entrata (giallo/verde/rosso) e fornite di conseguenza, una domanda a MEDLINE, una chiave di entrata alla base di dati, o un file con abstracts. clicchiamo su  “Sort abstracts by MeSH categories".

La finestra successiva visualizza la classificazione dei vostri abstracts basatandosi sulla gerarchia dei termini MESH associati ad ogni Query di MEDLINE.

Selezionare le categorie di vostro interesse. Quindi clicchiamo "Compute relationships between words in abstrcts".

 

Nella finestra successiva otterrete la lista delle parole più importanti e la loro relazione all'interno dell'abstrcts. E' possibile iniziare l'esplorazione cliccando sulle parole stesse. Ciò vi condurrà ad una nuova finestra che indica tutte le frasi che contengono la parola.

 

Alternativamente, potete seguire i collegamenti [R] che mostrano le parole relative. Per un'analisi contestuale più generale, potete aprire una finestra cliccando sul bottone “explore context of any word".

 

 Create your own educational wiki!HelpPublic, not yet premium Privacy Policy RSS